토지 용도변경 비용 농지보전부담금·지목변경 취득세·양도세 계산

최종 업데이트 2026.09.27 · 기준 자료: 지방세법 제7조·제10조의6·제15조, 같은 법 시행령 제18조의6, 농지법 제38조 (국가법령정보센터 현행 조문)

「용도변경」이 용도지역·개발행위허가·지목변경이라는 서로 다른 절차를 가리킨다는 것까지는 이미 알고 계실 겁니다. 이제 필요한 것은 그 과정에서 돈이 언제, 얼마나, 어떤 이름으로 나가는지입니다.

실제로 논·밭을 대지로 바꾸는 과정에서는 돈이 세 번 나갑니다. 허가를 받기 전에 부담금, 지목이 바뀌면 취득세, 나중에 팔 때 양도소득세입니다. 앞의 두 번은 기한이 60일 단위로 돌아가고, 마지막 한 번은 공사 때 챙긴 영수증이 금액을 가릅니다.

이 글은 토지 용도변경 비용을 절차 순서대로 계산 구조와 가정 사례로 정리했습니다. 상위 검색 결과에 자주 보이는 「농지보전부담금은 공시지가의 30%」, 「지목변경 취득세는 공시지가 차액에 곱한다」는 설명은 조문과 비교하면 절반만 맞습니다. 그 차이도 함께 짚습니다.

토지 용도변경, 네 가지 절차 중 돈이 나가는 자리는 두 곳입니다

용도변경을 알아볼 때 가장 먼저 정리할 것은 무엇을 바꾸려는가입니다. 절차마다 창구와 비용이 다릅니다.

용도지역 자체를 바꾸는 일은 개인이 신청하는 민원이 아니라는 점, 개발행위허가의 대상과 처리기간은 이미 널리 정리돼 있으니 여기서는 짧게 넘깁니다. 실제 비용은 둘째 줄(부담금)과 넷째 줄(취득세)에서 생깁니다. 내 땅의 용도지역과 규제는 토지이용계획확인서로 먼저 확인하는데, 계약 전 서류를 겹쳐 보는 요령은 부동산 계약 전 서류 확인에 정리했습니다.

농지보전부담금은 20%와 30%로 나뉘고, ㎡당 5만원에서 멈춥니다

농지를 다른 용도로 바꾸려면 농지법 제38조의 농지보전부담금을 냅니다. ㎡당 금액은 해당 농지의 개별공시지가에 비율을 곱해 정합니다(시행령 제53조).

「30%」만 기억하면 진흥지역 밖 농지의 부담금을 1.5배로 잘못 잡게 됩니다. 또 상한 때문에 공시지가가 일정 수준을 넘으면 비율이 더는 의미가 없습니다. 진흥지역 밖이면 ㎡당 공시지가 25만원, 진흥지역이면 약 16만 7천원을 넘는 순간부터 ㎡당 5만원으로 고정됩니다.

납부 시기는 농지전용허가·신고 전까지입니다(제38조 제4항). 허가를 받고 나서 내는 돈이 아니므로, 사업비 계획의 맨 앞에 넣어야 합니다. 산지라면 산지관리법 제19조의 대체산림자원조성비를 역시 미리 냅니다. 단위면적당 금액은 산림청이 매년 고시하고, 보전산지는 30%, 산지전용·일시사용제한지역은 100%를 가산합니다(시행령 제24조 제4항).

부담금 계산의 출발점인 개별공시지가가 재산세 등 다른 세금에 어떻게 이어지는지는 공시가격 과세표준 계산 구조에서 볼 수 있습니다.

지목이 사실상 바뀌면 취득세를 한 번 더 냅니다

땅을 새로 사지 않았는데도 취득세가 나오는 경우가 있습니다. 지방세법 제7조 제4항은 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다고 정하고 있습니다. 논이 대지가 되면서 오른 가치만큼을 새로 취득한 것으로 보는 구조입니다.

세율은 일반 취득세율이 아니라 중과기준세율 1천분의 20(2%)입니다(제15조 제2항 제2호, 제6조 제19호). 과세표준은 두 단계로 정합니다.

1. 원칙 — 그 변경으로 증가한 가액에 해당하는 사실상취득가격(제10조의6 제1항). 형질변경 공사비 등 실제로 지목을 바꾸는 데 들어간 비용이 기준이 됩니다.
2. 사실상취득가격을 확인할 수 없는 경우 — 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 변경 후 시가표준액 − 변경 전 시가표준액(시행령 제18조의6 제1호).

상위 검색 결과 상당수는 2번만 설명합니다. 공사비 장부가 있는 경우라면 과세표준이 1번으로 정해질 수 있어 금액이 달라집니다.

원칙 쪽에서 놓치기 쉬운 점이 하나 있습니다. 지방세법 시행령 제18조 제1항은 사실상취득가격에 들어가는 비용을 열거하면서 「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용을 명시하고 있습니다. 같은 항에는 건설자금 차입금 이자, 용역비·수수료, 정원·부속시설물 조성비도 들어 있습니다. 반대로 부가가치세, 이주비·지장물 보상금처럼 별개 권리에 대한 보상 성격의 비용은 빠집니다(제2항).

즉 앞 단계에서 낸 부담금이 지목변경 취득세의 과세표준으로 다시 들어갈 수 있습니다. 공사비와 부담금 합계가 시가표준액 차액보다 작을 수도, 클 수도 있으므로 어느 방식으로 신고하게 되는지 시·군·구 세무 부서에 먼저 확인하고, 공사 관련 계약서와 영수증을 취득세 신고 때까지 모아 두는 것이 좋습니다.

또 하나 헷갈리는 것은 변경 후 가액입니다. 지목이 바뀐 시점에 그 지목의 개별공시지가가 아직 없다면, 시장·군수·구청장이 토지가격비준표로 산정한 가액을 씁니다. 그래서 「새 공시지가가 나오면 그때 계산하겠다」는 생각으로 기다리면 안 됩니다.

취득일은 「사실상 변경일과 공부상 변경일 중 빠른 날」입니다

지목변경 취득세의 신고·납부 기한은 취득일부터 60일입니다(지방세법 제20조 제1항). 그런데 여기서 말하는 취득일은 지적공부의 지목이 바뀐 날이 아닐 수 있습니다.

지방세법 시행령 제20조 제10항은 지목변경에 따른 취득일을 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날로 정합니다. 지목변경일 전에 이미 그 용도로 쓰기 시작한 부분이 있다면 사실상의 사용일이 취득일이 됩니다.

그래서 기한은 두 개가 따로 돌아갑니다.

준공 후 건물을 먼저 쓰기 시작하고 지목변경 신청을 미루면, 지적공부로는 아직 「답」이어도 취득세 기한은 이미 흐르고 있을 수 있습니다. 둘 다 60일이라 한 번에 처리하는 편이 안전합니다.

답 1,000㎡를 대지로 바꾸면 얼마가 드나 — 가정 사례

실제 금액은 필지마다 다르므로 가정 수치로 구조만 보여 드립니다. 답 1,000㎡, 농업진흥지역 밖, 개별공시지가 ㎡당 8만원인 땅을 대지로 바꾸고, 변경 후 가액이 ㎡당 20만원으로 산정됐다고 가정합니다(사실상취득가격 확인 불가).

위 240만원은 사실상취득가격을 확인할 수 없어 시가표준액 차액을 쓴 경우입니다. 공사 계약서와 영수증으로 사실상취득가격이 확인된다면 계산이 달라집니다. 예를 들어 형질변경 공사비가 3,000만원(가정)이었다면, 앞에서 낸 농지보전부담금 1,600만원을 더한 4,600만원에 설계·측량 용역비 등을 합친 금액이 과세표준 후보가 되고, 용역비를 빼고 보면 취득세는 약 92만원입니다. 어느 방식이 적용되는지는 증빙의 유무와 관할 시·군·구 판단에 달려 있으므로, 두 방식의 금액을 모두 뽑아 들고 문의하는 편이 좋습니다.

같은 땅이 농업진흥지역 안이면 부담금은 2,400만원(30%)이 되고, 공시지가가 ㎡당 30만원인 땅이라면 비율과 관계없이 상한이 걸려 5,000만원입니다. 취득세에 붙는 지방교육세·농어촌특별세가 있는지와 변경 후 가액 산정은 관할 시·군·구에서 확인하세요. 이 글에서는 부가세목 세율을 원문으로 확인하지 못해 수치로 적지 않았습니다.

지목이 바뀌면 재산세 과세 구분도 바뀝니다

용도변경은 한 번 내는 돈으로 끝나지 않습니다. 매년 6월 1일 기준 재산세의 과세 구분이 달라집니다(지방세법 제111조 제1항 제1호).

농사짓던 땅이 대지가 되면 0.07% 분리과세에서 벗어나 합산과세로 넘어갑니다. 건물을 짓지 않고 대지로만 두면 종합합산으로 가서 세율이 가장 높은 칸에 들어가고, 합산 금액이 크면 토지분 종합부동산세 검토 대상이 될 수도 있습니다. 지목변경 뒤 곧바로 건축하지 않을 계획이라면 이 보유 비용을 사업비에 넣어 두어야 합니다.

재산세는 매년 6월 1일 현재 상태로 과세 구분을 정합니다. 그래서 공사 일정이 6월 1일을 걸치면, 같은 해에 준공하더라도 그해 재산세가 어느 칸으로 나올지는 그날의 실제 현황에 따라 달라질 수 있습니다. 준공 시점을 조절할 여지가 있다면 이 날짜도 함께 놓고 보시기 바랍니다.

나중에 팔 때 — 공사 영수증이 양도소득세를 줄입니다

용도변경에 쓴 돈 중 일부는 나중에 땅을 팔 때 필요경비로 인정됩니다. 소득세법 시행령 제163조 제3항과 시행규칙 제79조가 정한 항목입니다.

• 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용
• 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금
• 토지 이용 편의를 위한 장애물 철거비용, 해당 토지나 인접 토지에 도로를 신설한 시설비, 신설 도로를 국가·지자체에 무상 공여한 경우 그 도로 부분의 취득 당시 가액
• 사방사업비, 하천법 등 법률에 따른 수익자부담금

단, 모두 적격증빙(세금계산서·카드·현금영수증)을 받거나 금융거래로 지출이 확인되는 경우에만 인정됩니다. 농지보전부담금은 이 명시 목록에 이름이 없으므로, 필요경비로 넣을 수 있는지는 양도 시점에 관할 세무서에 확인하는 편이 안전합니다. 필요경비가 과세표준까지 이어지는 순서는 양도소득세 취득가액과 필요경비 계산 순서에서 볼 수 있습니다.

지목을 바꾼 뒤 팔 것인가 지어서 쓸 것인가 — 무엇을 비교해야 하나

용도변경이 끝난 땅을 가진 분이 그다음 마주하는 결정은 대개 바로 팔지, 건축 자금을 마련해 직접 쓸지입니다. 비교할 것은 세 가지입니다.

• 매도: 지목이 바뀐 가치가 양도가액에 반영되는 대신, 양도차익에 대한 양도소득세가 나옵니다. 위에서 본 필요경비 증빙이 얼마나 갖춰졌는지가 세후 금액을 가릅니다.
• 건축 후 보유·임대: 건축 자금을 토지담보대출 등으로 조달한다면 금리와 상환 기간, 준공 전까지의 보유세(종합합산) 부담을 함께 계산해야 합니다.
• 보유만 계속: 대지로 둔 기간 동안 종합합산 재산세가 쌓이고, 사업용으로 쓰지 않으면 나중에 양도할 때 비사업용 토지 판정 문제가 생길 수 있습니다.

어느 쪽이 유리한지는 금리·지역·개발 일정에 따라 달라지므로 단정할 수 없습니다. 대출 조건은 금융회사 상담으로, 세금은 관할 세무서·시·군·구에서 각각 확인한 뒤 비교하시기 바랍니다.

자주 묻는 질문

Q. 지목변경 신청을 안 하면 취득세도 안 나오나요?
A. 아닙니다. 취득일은 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날이라, 지적공부를 그대로 두어도 실제로 대지로 쓰기 시작했다면 취득세 납세의무가 생깁니다(지방세법 시행령 제20조 제10항). 지목변경 신청은 사유 발생일부터 60일 안에 해야 하는 별도 의무입니다.

Q. 개별공시지가가 아직 「답」 기준으로만 나와 있는데 취득세를 어떻게 계산하나요?
A. 변경 후 지목의 개별공시지가가 없으면 인근 유사토지 가액을 기준으로 토지가격비준표를 써서 시장·군수·구청장이 산정한 가액을 씁니다(시행령 제18조의6 제1호 가목). 신고 전에 관할 시·군·구 세무 부서에 산정 가액을 확인하면 신고 금액이 어긋나지 않습니다.

Q. 농지보전부담금을 나눠 낼 수 있나요?
A. 농지법 제38조 제4항은 부담금의 「전부 또는 일부」를 허가 전까지 내도록 적고 있어, 일부를 나중에 내는 구조가 조문상 열려 있습니다. 다만 분할납부의 구체 요건과 이행보증 여부는 한국농어촌공사와 허가 관청에 확인해야 합니다.

Q. 용도지역을 바꿔 달라고 시청에 신청하면 되나요?
A. 용도지역은 도시·군관리계획으로 결정되고, 주민이 입안을 제안할 수 있는 항목(국토계획법 제26조)에 「용도지역 변경」이 따로 없습니다. 지구단위계획 제안 등으로 우회하는 방식이 쓰이지만 계획도서를 갖춰야 하고, 비용을 제안자가 부담할 수 있습니다. 대부분은 현재 용도지역에서 개발행위허가로 해결되는지부터 확인하는 편이 빠릅니다.

Q. 임야를 대지로 바꾸는 경우도 같은 구조인가요?
A. 부담금의 이름과 계산이 다릅니다. 임야는 농지보전부담금이 아니라 산지관리법 제19조의 대체산림자원조성비를 산지전용허가 전에 미리 내고, 금액은 산지 면적 × 산림청이 매년 고시하는 단위면적당 금액에 보전산지 30%, 산지전용·일시사용제한지역 100%를 가산하는 구조입니다. 지목이 사실상 바뀐 뒤의 취득세(2%)와 60일 기한, 재산세 과세 구분 변화는 농지와 같은 틀로 따라옵니다.

Q. 형질변경 공사비 영수증을 잃어버렸습니다.
A. 양도소득세 필요경비는 적격증빙이나 금융거래 증빙이 있어야 인정됩니다. 계좌이체 내역이 남아 있다면 은행에서 거래내역을 다시 발급받아 공사 계약서와 함께 보관하세요. 지목변경 취득세 쪽에서도 사실상취득가격을 증명할 자료가 없으면 시가표준액 차액으로 과세표준이 정해집니다.

조문 여섯 개를 이어 붙여 보니, 비용보다 먼저 챙길 것은 날짜와 영수증이었습니다

이 글을 쓰며 국토계획법·농지법·산지관리법·공간정보관리법·지방세법·소득세법의 관련 조문을 한 줄로 이어 붙여 봤습니다. 가장 걸렸던 것은 인터넷에 퍼진 두 숫자, 「부담금 30%」와 「공시지가 차액 × 세율」이 각각 절반만 맞는 설명이라는 점이었습니다. 제가 보기에 진흥지역 밖 20%, 사실상취득가격 우선이라는 조건 하나씩이 빠진 채로 복사돼 퍼진 것으로 보입니다.

두 번째는 기한이 두 번 60일씩 돈다는 점입니다. 지목변경 신청과 취득세 신고는 법도 창구도 다르고, 취득세 쪽 취득일은 서류가 아니라 실제 사용일에서 먼저 시작될 수 있습니다. 준공 직후 한 번에 처리하지 않으면 가산세가 붙는 구조입니다.

마지막으로, 용도변경에 쓴 돈의 상당 부분은 몇 년 뒤 양도소득세에서 돌아옵니다. 다만 영수증과 이체 기록이 있을 때만입니다. 공사를 시작하는 날부터 증빙 파일을 하나 만들어 두시고, 판단이 애매한 항목은 관할 시·군·구와 세무서에 먼저 확인하시기 바랍니다.

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