최종 업데이트 2026.10.06 · 기준 자료: 소득세법 제95조·제97조의2·제104조, 같은 법 시행령 제162조 (국가법령정보센터 2026년 10월 시행 조문)
공제율 표는 외우기 쉽습니다. 3년에 6%로 시작해 1년마다 2%포인트씩 올라가고 15년 이상에서 30%에 멈춥니다. 어려운 것은 그다음입니다. 그 햇수를 어느 날부터 세는가입니다.
상업용 부동산은 아파트와 달리 취득 경위가 제각기입니다. 직접 지은 건물, 재개발 환지로 받은 땅, 증여받은 점포, 지분을 나중에 더 사들인 꼬마빌딩에서 기산일이 전부 다릅니다. 그리고 기산일이 한 칸 어긋나면 공제율이 2%포인트씩 움직이고, 3년 선을 못 넘기면 공제가 아예 0원입니다.
이 글은 상가 장기보유특별공제의 보유기간을 기산일 판정으로 좁혀 정리했습니다. 표 1과 표 2 중 어느 표를 쓰는지, 잘못 골랐을 때 되돌리는 절차는 장기보유특별공제 표1 표2 선택 기준과 경정청구에서 따로 다뤘으니, 여기서는 표 1을 쓴다는 것이 정해진 뒤의 날짜 문제만 봅니다.
상가 장기보유특별공제는 보유 연수가 아니라 기산일이 정합니다
소득세법 제95조 제4항은 보유기간을 「그 자산의 취득일부터 양도일까지」로 정합니다. 한 줄이지만 여기에 두 개의 날짜가 숨어 있고, 그 두 날짜는 각각 시행령 제162조가 정하는 규칙을 따릅니다.
기산일이 한 해만 어긋나면 금액이 얼마나 움직이는지 먼저 보겠습니다. 양도차익 2억 4,000만원 상가를 기준으로 했습니다.
| 보유기간 | 공제율 | 공제액 | 공제액 차이 |
|---|---|---|---|
| 2년 11개월 | 0% | 0원 | — |
| 3년 | 6% | 1,440만원 | +1,440만원 |
| 4년 | 8% | 1,920만원 | +480만원 |
| 9년 | 18% | 4,320만원 | +480만원 |
| 10년 | 20% | 4,800만원 | +480만원 |
| 15년 이상 | 30% | 7,200만원 | — |
한 칸(1년)이 480만원이고, 2년 11개월과 3년 사이만 1,440만원입니다. 조문이 「보유기간이 3년 이상인 것」으로 대상 자체를 한정하기 때문에, 하루가 모자라면 비율이 낮아지는 것이 아니라 공제가 없습니다.
그래서 상가에서 확인할 순서는 이렇습니다. ① 내 취득일이 언제로 잡히는가 → ② 그 날부터 양도일까지 날짜로 몇 년인가 → ③ 3년 선과 2년 선을 둘 다 넘겼는가.
원칙은 대금청산일, 예외는 열 가지입니다
소득세법 제98조는 취득시기·양도시기를 「대금을 청산한 날」로 정하고, 예외를 시행령에 넘깁니다. 시행령 제162조 제1항이 그 예외를 열 가지로 열거합니다. 상가와 관계있는 것만 추리면 이렇습니다.
| 상황 | 취득일로 보는 날 | 호 |
|---|---|---|
| 대금 청산일이 분명하지 않음 | 등기부·등록부에 기재된 등기접수일 | 1호 |
| 대금 청산 전에 소유권이전등기를 함 | 등기접수일 | 2호 |
| 장기할부조건 | 등기접수일·인도일·사용수익일 중 빠른 날 | 3호 |
| 직접 지은 건축물 | 건축법 제22조 제2항에 따른 사용승인서 교부일. 다만 그 전에 사실상 사용했거나 임시사용승인을 받았으면 그 날 중 빠른 날. 건축허가를 받지 않았다면 사실상 사용일 | 4호 |
| 상속·증여 | 상속개시일 또는 증여를 받은 날 | 5호 |
| 점유로 소유권 취득(민법 제245조 제1항) | 점유를 개시한 날 | 6호 |
| 공익사업 수용 | 대금청산일·수용개시일·소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 소유권 소송으로 보상금이 공탁됐으면 판결 확정일 | 7호 |
| 완성되지 않은 자산을 사고 대금 청산 때까지 완성되지 않음 | 목적물이 완성·확정된 날 | 8호 |
| 환지처분으로 취득한 토지 | 환지 전 토지의 취득일. 다만 면적이 늘거나 줄었으면 그 증감분은 환지처분 공고일의 다음날 | 9호 |
| 지적재조사로 면적이 늘어난 경우 | 그 증가분도 종전 토지를 취득한 날 | 9호의2 |
그리고 같은 조 제5항에 보험처럼 쓰이는 규정이 하나 있습니다. 취득시기가 분명하지 않은 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 봅니다. 같은 건물에서 호실을 여러 개 들고 있다가 하나를 파는 경우에 이 순서가 적용됩니다.
상가에서 실제로 걸리는 기산일 네 가지
위 열 가지 중 상가 보유자가 실제로 마주치는 것은 네 개입니다. 하나씩 보겠습니다.
첫째, 땅을 사서 직접 올린 건물. 토지와 건물의 기산일이 다릅니다. 토지는 매매대금 청산일, 건물은 사용승인서 교부일입니다. 그런데 준공 전에 임차인을 들여 영업을 시작했거나 임시사용승인을 받았다면 그 날이 기산일이 됩니다. 사용승인서보다 몇 달 앞설 수 있어서, 3년·15년 선 근처라면 반드시 확인할 대목입니다. 양도차익도 토지분과 건물분으로 나뉘므로, 공제율이 서로 다른 두 줄이 나옵니다.
둘째, 재개발·도시개발 환지로 받은 땅. 9호가 환지 전 토지의 취득일로 돌려 줍니다. 수십 년 전 취득일이 그대로 살아나므로 대개 유리하게 작동합니다. 다만 권리면적보다 늘어난 면적분은 환지처분 공고일의 다음날부터 세므로, 같은 필지 안에서 기산일이 둘로 쪼개집니다. 정비사업 쪽 판정은 토지 양도세 비사업용 토지 판정과 자경감면와 함께 보시면 됩니다.
셋째, 수용. 7호가 대금청산일·수용개시일·등기접수일 중 빠른 날로 정합니다. 보상금을 늦게 받았더라도 수용개시일이 앞서면 그 날이 기산점(양도일)입니다. 보유기간이 짧아지는 방향으로 작동할 수 있어 주의가 필요합니다.
넷째, 장기할부로 산 상가. 3호가 등기접수일·인도일·사용수익일 중 빠른 날을 취득일로 봅니다. 잔금을 몇 년에 걸쳐 나눠 냈다면 마지막 납입일이 아니라 훨씬 앞선 날짜가 기산일이 됩니다.
*출처: 국가법령정보센터 「소득세법 시행령 제162조 제1항」 조문 (2026.10.06 캡처)*
증여와 상속 — 기산일이 내가 아닌 사람에게로 갑니다
제95조 제4항 본문은 「취득일부터 양도일까지」인데, 단서에 두 가지 예외가 붙어 있습니다.
첫째, 이월과세가 적용되는 경우. 배우자나 직계존비속에게 증여받은 자산을 양도일부터 소급하여 10년 이내에 파는 경우 소득세법 제97조의2 제1항이 걸리고, 이때 보유기간은 증여한 배우자 또는 직계존비속이 그 자산을 취득한 날부터 셉니다. 증여받은 날부터 다시 세는 것이 아닙니다.
여기서 중요한 디테일이 하나 있습니다. 제97조의2 제3항은 「제1항에서 규정하는 연수는 등기부에 기재된 소유기간에 따른다」고 정합니다. 10년 안인지 밖인지를 가릴 때 쓰는 기준이 등기부라는 뜻입니다. 증여계약서 날짜가 아니라 등기접수일을 봐야 합니다.
이월과세는 보유기간이 길어지는 방향이라 공제에는 유리하게 작동하지만, 취득가액이 증여한 사람의 취득 당시 금액으로 되돌아가기 때문에 전체 세액은 늘어나는 경우가 많습니다. 10년 계산과 손익 비교는 배우자 증여 이월과세 10년 양도세 계산에 정리해 뒀습니다.
둘째, 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산. 이 부분은 피상속인(돌아가신 분)이 그 자산을 취득한 날부터 셉니다. 공제가 적용된 비율만큼만 그렇게 보므로, 한 건물에서 기산일이 두 개로 나뉘는 구조입니다. 적용률 계산은 가업상속공제 계산과 사후관리 추징 사례에서 따로 봤습니다.
| 받은 경위 | 보유기간 기산일 | 근거 |
|---|---|---|
| 일반 상속 | 상속개시일 | 시행령 제162조 제1항 제5호 |
| 가업상속공제 적용 비율분 | 피상속인의 취득일 | 제95조 제4항 단서 |
| 증여 (이월과세 아님) | 증여를 받은 날 | 시행령 제162조 제1항 제5호 |
| 증여 + 이월과세 (10년 내 양도) | 증여한 사람의 취득일 | 제95조 제4항 단서 |
일반 상속으로 받은 상가는 상속개시일부터 세기 때문에, 돌아가신 분이 30년을 보유했어도 내가 1년 뒤에 팔면 공제는 0원입니다. 이 점이 가장 자주 오해됩니다.
공유지분을 나중에 더 산 상가는 시계가 두 개입니다
공동명의 상가에서 한 사람이 다른 공유자의 지분을 뒤늦게 사들이는 일이 흔합니다. 이때 보유기간은 지분마다 각자의 취득일부터 셉니다. 처음 50%는 15년, 나중에 산 50%는 4년이라면 공제율이 30%와 8%로 갈립니다.
그래서 양도차익을 지분별로 나눠 각각 공제율을 적용해야 합니다. 계산기 화면은 물건을 한 줄로 받으므로 이 구분이 드러나지 않고, 평균치로 넣으면 결과가 어긋납니다.
반대 방향도 있습니다. 부부가 처음부터 50:50으로 취득했다면 두 사람의 기산일이 같고, 양도소득세는 사람별로 계산하므로 공제도 각자 자기 양도차익에 적용합니다. 지분을 나중에 늘렸는지, 처음부터 함께 샀는지가 이 절의 갈림길입니다.
상가를 주택으로 바꿔 살았다면 표 두 개를 이어 붙입니다
상가를 주거용으로 고쳐 들어가 살다가 파는 경우가 있습니다. 이 방향은 조문에 계산식이 들어 있습니다. 소득세법 제95조 제5항(신설 2023.12.31)이 1세대 1주택 요건을 갖춘 경우의 공제율을 이렇게 정합니다.
- 보유기간별 공제율 = 주택이 아닌 건물로 보유한 기간에 해당하는 표 1의 보유기간별 공제율 + 주택으로 보유한 기간에 해당하는 표 2의 보유기간별 공제율. 다만 합계가 100분의 40을 넘으면 40%
- 거주기간별 공제율 = 주택으로 보유한 기간 중 거주한 기간에 해당하는 표 2의 거주기간별 공제율
그리고 같은 조 제6항이 「주택으로 보유한 기간」의 기산을 정합니다. 사실상 주거용으로 사용한 날부터 세고, 그 날이 분명하지 않으면 공부상 용도를 주택으로 변경한 날부터 셉니다.
주의할 점은 반대 방향(주택 → 상가)에 대응하는 조문이 없다는 것입니다. 주택이었던 건물을 근린생활시설로 바꿔 팔 때 기산일을 어떻게 보는지는 조문이 아니라 유권해석의 영역이고, 그 주택이 용도변경 시점에 공제 대상이었는지에 따라 결론이 갈린다는 설명이 세무 매체에 있습니다. 원문 해석을 직접 확인하지 못했으므로 본인 사안으로 국세상담센터에 확인하시기 바랍니다.
*출처: 국가법령정보센터 「소득세법 제95조 제5항·제6항」 조문 (2026.10.06 캡처)*
2년과 3년, 두 개의 선을 함께 놓고 봅니다
매도 시점을 정할 때 선이 두 개라는 사실이 중요합니다. 세율의 기준은 2년이고, 공제의 기준은 3년입니다. 같은 상가, 양도차익 2억 4,000만원으로 세 시점을 비교하면 이렇습니다.
| 보유기간 | 장기보유특별공제 | 과세표준 | 적용 세율 | 산출세액 |
|---|---|---|---|---|
| 1년 11개월 | 0원 | 2억 3,750만원 | 단일 40% | 약 9,500만원 |
| 2년 1개월 | 0원 | 2억 3,750만원 | 기본세율 38% | 약 7,031만원 |
| 3년 1일 | 1,440만원 (6%) | 2억 2,310만원 | 기본세율 38% | 약 6,484만원 |
- 1년 11개월 → 2년 1개월: 약 2,469만원 감소. 세율이 단일 40%에서 기본세율로 내려옵니다
- 2년 1개월 → 3년 1일: 약 547만원 감소. 공제가 처음 생깁니다
두 선 중 먼저 오는 2년 선이 금액이 훨씬 큽니다. 상가를 짧게 들고 있다가 파는 상황이라면 3년을 기다릴지 고민하기 전에 2년을 넘겼는지부터 확인해야 합니다. 보유 2년 미만일 때 단일세율과 기본세율 중 큰 세액을 쓰는 구조는 소득세법 제104조 제1항 단서에 있습니다.
기산일을 다시 잡았는데 공제가 0원인 경우
기산일을 정확히 잡아 3년을 넘겼는데도 공제가 0원으로 나올 수 있습니다. 제95조 제2항이 대상 자산을 정하면서 괄호로 두 가지를 빼 두었기 때문입니다.
- 미등기양도자산(제104조 제3항) — 공제뿐 아니라 기본공제 250만원도 적용되지 않습니다
- 다주택 중과 대상 자산(제104조 제7항 각 호) — 이 조항은 첫 줄부터 「주택을 양도하는 경우」로 시작합니다. 상가·사무실·근린생활시설은 이 조항의 자산이 아니므로 상가가 중과를 이유로 공제에서 빠지지는 않습니다
세 번째는 조문의 괄호가 아니라 대상 목록 자체입니다. 제95조 제2항은 토지·건물(제94조 제1항 제1호)과 조합원입주권(제2호 가목, 조합원으로부터 취득한 것은 제외)만 대상으로 적습니다. 분양권은 목록에 없습니다. 오래 들고 있어도 공제가 생기지 않습니다.
상가 보유자가 여기서 한 가지 더 확인할 것이 있습니다. 상가 부속토지가 기준면적을 넘으면 그 초과분이 비사업용 토지로 분류될 수 있는데, 비사업용이면 세율에 10%포인트가 더해집니다(제104조 제4항). 다만 그것은 제104조 제7항이 아니라 다른 항이라 공제 자체가 배제되지는 않습니다. 부가가치세·포괄양수도까지 함께 보려면 상가 양도세 부가가치세와 포괄양수도 처리를 참고하시면 됩니다.
매도를 미루는 동안 드는 비용을 함께 계산해야 합니다
3년 선을 넘기려고 몇 달을 기다리는 판단은 세액만 보고 할 수 없습니다. 그동안 보유세와 대출이자가 계속 나가고, 공실이면 월세도 없습니다. 위 사례에서 2년 1개월과 3년 1일의 차이가 약 547만원이었는데, 담보대출이 3억원 남아 있다면 열한 달의 이자만으로 그 금액에 닿을 수 있습니다. 금리 수준에 따라 달라지므로 숫자를 직접 넣어 봐야 합니다.
그래서 비교해야 하는 축은 세 가지입니다. 첫째, 기다리는 기간의 이자와 보유세 합계가 늘어나는 공제액보다 작은가. 둘째, 그 기간에 임대수익이 유지되는가 — 임차인이 나가는 시점과 겹치면 계산이 뒤집힙니다. 셋째, 매각 대금으로 대출을 정리할 것인가 아니면 다른 흐름으로 바꿀 것인가. 집을 담보로 매달 현금을 만드는 방식과 비교해 볼 수도 있어, 구조와 금액은 주택연금 월지급금 표와 나이별 수령액에 정리돼 있습니다.
어느 쪽이 유리한지는 금리·공실률·본인 소득 구간에 따라 갈리고, 수익률이나 절세액을 단정할 수 있는 영역이 아닙니다. 대출 조건은 금융감독원 안내와 거래 금융기관에서, 세액은 국세상담센터에서 각각 확인하시기 바랍니다.
자주 묻는 질문
Q. 계약서에 적힌 계약일과 잔금일이 다릅니다. 어느 날이 취득일인가요?
원칙은 잔금을 청산한 날입니다(소득세법 제98조). 계약일이 아닙니다. 다만 잔금 청산 전에 소유권이전등기를 먼저 했다면 등기접수일이 취득일이 되고(시행령 제162조 제1항 제2호), 잔금 청산일이 서류로 분명하지 않으면 역시 등기접수일을 봅니다(제1호). 계좌 이체 내역으로 잔금일을 증명할 수 있으면 그 날이 기준입니다.
Q. 상속받은 상가를 2년 만에 팔았습니다. 아버지가 20년 보유하셨는데 공제가 없습니까?
일반 상속은 상속개시일부터 셉니다(시행령 제162조 제1항 제5호). 2년이면 3년 요건을 못 채워 공제가 0원이고, 세율도 보유 1~2년 구간이라면 단일세율 비교과세에 걸립니다. 피상속인의 보유기간이 이어지는 것은 가업상속공제가 적용된 비율분에 한정됩니다(제95조 제4항 단서). 본인 사안이 그 비율에 해당하는지 확인해 보셔야 합니다.
Q. 땅은 1998년에 사고 건물은 2012년에 지었습니다. 공제율은 어떻게 되나요?
토지와 건물의 기산일이 각각 다르므로 공제율도 각각 나옵니다. 토지는 1998년 취득일부터, 건물은 사용승인서 교부일(또는 그 전에 사실상 사용한 날)부터 셉니다. 양도가액과 취득가액도 토지분·건물분으로 나뉘므로, 양도차익을 나눈 뒤 각각의 공제율을 곱해 더하는 구조가 됩니다. 안분 방법은 두 세금이 같은 기준을 쓰므로 그쪽 규정을 함께 확인하셔야 합니다.
Q. 지분을 두 번에 걸쳐 사들였습니다. 평균으로 계산해도 되나요?
평균으로 계산하면 틀립니다. 지분마다 취득일이 다르므로 지분별로 공제율을 따로 적용합니다. 등기부등본의 갑구에서 각 지분의 등기접수일을 확인해 두시면 됩니다. 계산기 화면은 이 구분을 묻지 않으므로 손으로 나눠 계산해야 합니다.
Q. 공제율이 잘못 적용된 채 신고가 끝났습니다. 되돌릴 수 있나요?
경정청구로 되돌릴 수 있는 기간이 있습니다. 기산일을 다시 잡아 공제율이 올라가면 환급 대상이 되고, 필요한 서류와 거부 통지를 받았을 때의 절차는 장기보유특별공제 표 선택과 양도세 경정청구 절차에 정리돼 있습니다. 기산일을 증명할 서류(등기부등본, 사용승인서, 환지 관련 서류)를 먼저 갖추는 것이 순서입니다.
조문 열 가지를 날짜로 옮겨 적어 보고 남은 생각
시행령 제162조 제1항을 호 단위로 끊어 상가에 대입해 보면서, 제가 가장 걸렸던 것은 공제율 표를 설명하는 글은 많은데 기산일을 설명하는 글은 거의 없다는 점이었습니다. 표 13칸은 외우면 끝이고 검색하면 어디에나 있습니다. 반면 직접 지은 건물의 사용승인서, 환지 전 토지의 취득일, 지분을 두 번에 걸쳐 산 경우의 두 시계는 금액을 훨씬 크게 움직이는데도 조문 번호째로 적어 둔 글을 찾기 어려웠습니다.
두 번째는 상속에 대한 오해의 방향입니다. 자료를 정리하면서 반복해 보인 질문이 "아버지가 오래 보유했는데 왜 공제가 없느냐"였습니다. 조문은 분명합니다. 일반 상속은 상속개시일부터 세고, 피상속인의 기간이 이어지는 것은 가업상속공제가 적용된 비율분과 이월과세가 걸린 증여뿐입니다. 기간을 물려받는 길은 두 개뿐이고, 상속은 그중 하나가 아닙니다.
그래서 순서에 대한 판단은 이렇습니다. 공제율 표를 찾아보기 전에 등기부등본을 떼어 갑구의 등기접수일부터 적어 보는 것이 먼저입니다. 그 날짜가 정해지지 않으면 표의 어느 칸에 있는지 알 수 없고, 매도 시점을 미룰 가치가 있는지도 계산되지 않습니다. 그리고 기산일이 3년 선이나 15년 선 근처라면 잔금일을 하루 단위로 조정할 수 있는지까지 함께 봐야 합니다. 상가는 취득 경위에 따라 결론이 갈리는 자산이라, 날짜를 확정하기 전에 국세상담센터(국번 없이 126)나 세무 전문가에게 본인 서류를 대고 확인하시기 바랍니다.