상가 양도세 부가가치세·포괄양수도·폐업 순서로 본 실제 수령액

최종 업데이트 2026.09.27 · 기준 자료: 부가가치세법 제10조·제29조·제52조, 같은 법 시행령 제23조·제64조·제66조 (국가법령정보센터 2026년 9월 시행 조문)

상가를 팔 때 세율 자체는 어렵지 않습니다. 토지·일반 건물과 같은 표를 쓰고, 2026년 5월에 다시 붙은 다주택 중과와도 관계가 없습니다. 그런데 상가를 판 사람의 통장에 실제로 남는 돈은 세율표로는 계산이 안 됩니다. 부가가치세가 하나 더 끼어 있기 때문입니다.

이 글은 상가 양도세를 계산하기 전에 정해야 하는 세 가지, 즉 건물분 부가가치세를 누가 내는지, 포괄양수도로 넘길지, 임대사업을 언제 어떻게 닫을지를 조문 순서대로 정리했습니다. 부가가치세는 토지에는 붙지 않고 건물에만 붙는 세금이라, 같은 10억원짜리 상가도 계약서 한 줄로 매도인 손에 남는 돈이 2천만원 넘게 달라집니다.

세율표 자체와 단기 보유 세율은 부동산 양도세율 판정표에서, 상가에 적용되는 장기보유특별공제 표 1(최대 30%)은 장기보유특별공제 표 1과 표 2에서 이미 다뤘습니다. 여기서는 그 뒤, 돈이 실제로 나가는 순서를 봅니다.

상가를 팔면 세금이 두 갈래로 나갑니다

결론부터 말씀드리면, 개인 임대사업자가 상가를 팔 때 신고할 세금은 양도소득세(지방소득세 포함)와 부가가치세 두 가지이고, 둘은 서로 다른 날짜에 다른 창구로 나갑니다.

토지가 면세라는 근거는 부가가치세법 제26조 제1항 제14호이고, 토지와 건물을 함께 팔면 건물 가액만 공급가액이 된다는 근거가 같은 법 제29조 제9항입니다. 그래서 상가 매매에서는 매매대금을 토지분과 건물분으로 나누는 일이 부가가치세 계산의 출발점이 됩니다.

토지·건물 가액을 나누는 규칙은 두 세금이 같습니다

많이 놓치는 연결 고리입니다. 양도소득세에서 토지·건물 가액 구분이 불분명할 때 쓰는 소득세법 시행령 제166조 제6항은 「부가가치세법 시행령」 제64조 제1항에 따라 안분하라고 적어 두었습니다. 즉 부가가치세를 계산하려고 나눈 건물분이 곧 양도소득세의 건물분이 됩니다. 한쪽만 유리하게 나누는 방법은 처음부터 없습니다.

부가가치세법 시행령 제64조 제1항이 정한 순서는 이렇습니다.

여기서 쓸 수 있는 감정평가가액은 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 그 과세기간 종료일까지 감정평가법인등이 평가한 가액입니다. 오래전에 받아 둔 감정서는 쓸 수 없다는 뜻입니다. 감정평가 비용과 그 비용이 세금에서 어떻게 처리되는지는 감정평가 비용 산정기준과 세금 효과에 정리해 두었습니다.

계약서에 적은 금액이 이 안분가액과 30% 이상 차이 나면 인정되지 않는다는 규칙(부가가치세법 제29조 제9항 제2호, 소득세법 제100조 제3항)은 양쪽에 똑같이 있습니다. 30% 판정 방법은 토지·건물 안분과 30% 기준에서 기준시가 떼는 법까지 다뤘습니다.

계약서의 「부가세 별도」 한 줄이 2천만원을 가릅니다

같은 상가를 두 가지 계약서로 팔았다고 해 보겠습니다. 조건은 이렇습니다. 2016년 3월 7억원에 취득(토지 4억 2천만원·건물 2억 8천만원), 임대 기간 중 건물 감가상각비 7천만원을 종합소득세에서 비용 처리, 2026년 10월 10억원에 양도(기준시가 비율로 토지 6억원·건물 4억원), 양도 시 중개수수료 900만원, 일반과세자입니다.

B는 양도세가 조금 줄어도 부가가치세를 대금 안에서 떠안기 때문에 약 2,420만원 덜 남습니다. 계약서에 부가가치세 문구가 없으면 나중에 매수인과 "포함이었다, 아니다"로 다투게 되는데, 그 다툼 자체가 손해입니다.

양도세는 위 조건에서 이렇게 나왔습니다. 양도차익은 10억원에서 감가상각비를 뺀 취득가액 6억 3천만원과 중개수수료를 빼 3억 6,100만원, 보유 10년 표 1 공제 20%를 적용해 양도소득금액 2억 8,880만원, 기본공제 250만원을 빼 과세표준 2억 8,630만원, 세율 38%(누진공제 1,994만원)로 8,885만 4천원입니다. 감가상각비를 취득가액에서 빼는 이유(소득세법 제97조 제3항)는 양도소득세 취득가액이 깎이는 두 가지 경우에 있습니다.

⚠️ 위 금액은 조건을 고정한 계산 흐름 예시입니다. B의 양도가액은 건물분 대가에서 부가가치세를 뺀 금액으로 보고 계산했으며, 실제 신고 전에는 세무서나 세무 전문가에게 확인을 받으시기 바랍니다.

포괄양수도가 성립하는 조건, 계약서 제목이 아니라 내용입니다

포괄양수도는 부가가치세법 제10조 제9항 제2호의 「사업의 양도」를 말합니다. 요건을 갖추면 건물 매매가 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세가 생기지 않습니다. 매수인은 큰 돈을 미리 냈다가 환급받는 부담이 없어지고, 매도인은 부가세를 받아 납부하는 절차가 사라집니다.

요건은 시행령 제23조에 한 문장으로 있습니다. 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것입니다. 상가 임대업에 대입하면 이렇게 점검합니다.

시행령 제23조는 미수금과 미지급금, 사업과 직접 관련 없는 토지·건물은 승계하지 않아도 포괄 승계로 본다고 명시합니다. 밀린 월세를 매도인이 받기로 하는 정도는 문제가 되지 않는다는 뜻입니다. 반대로 계약서 제목에 「포괄양수도계약」이라고 써도 실제로 임차인을 비우고 넘기면 사업의 양도가 아닙니다.

요건이 애매하면 매수인이 부가세를 떼어 내는 길이 있습니다

포괄양수도로 처리했는데 나중에 세무서가 요건을 부인하면, 매도인은 받지 않은 부가가치세를 납부해야 하고 가산세까지 붙습니다. 이 위험을 없애는 장치가 부가가치세법 제52조 제4항의 대리납부입니다.

조문은 사업의 양도에 해당하는지 분명하지 아니한 경우를 포함해, 매수인이 대가를 지급할 때 매도인에게서 부가가치세를 징수해 지급일이 속하는 달의 다음 달 25일까지 관할 세무서에 납부할 수 있다고 정합니다. 그리고 제10조 제9항 제2호 단서는 이렇게 대리납부한 경우를 사업의 양도에서 제외합니다. 즉 매수인이 부가가치세를 떼어 내 납부하면 그 거래는 일반 공급으로 처리되고, 나중에 요건이 부인될 일이 없습니다.

임차인 일부가 나가는 중이거나 매수인이 일부를 직접 쓸 계획이라면, 처음부터 대리납부로 정리하는 편이 분쟁이 적습니다.

포괄양수도를 해도 양도소득세는 한 푼도 줄지 않습니다

부가가치세가 사라지면 세금이 줄었다고 느끼기 쉽지만, 앞의 10억원 사례를 세 가지 방식으로 놓고 보면 양도소득세는 셋 다 같습니다.

매도인 입장에서 포괄양수도의 이익은 세금이 아니라 절차와 매수인의 자금 부담입니다. 매수인이 4천만원을 미리 마련하지 않아도 되니 협상에서 쓸 수 있는 카드이긴 하지만, 매도인의 세금을 줄여 주는 방법은 아닙니다. 양도세를 줄이는 쪽은 취득가액·필요경비 증빙, 보유기간(표 1 공제율), 처음부터 공동명의로 취득해 기본공제와 누진세율을 나눠 받는 구조 같은 것들입니다.

팔지 않고 임대만 접을 때는 남은 건물에 부가세가 붙습니다

상가를 팔지 않고 임대사업만 폐업하는 경우(자녀에게 넘기기 전 비워 두기, 직접 쓰기 등)에는 부가가치세법 제10조 제6항이 적용됩니다. 폐업할 때 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 봅니다. 취득할 때 건물분 부가가치세를 환급받았다면 그 일부를 폐업 때 돌려놓는 구조입니다.

건물은 시가가 아니라 시행령 제66조 제2항의 산식으로 계산합니다.

공급가액 = 건물 취득가액 × (1 − 5% × 경과된 과세기간의 수)

과세기간은 반년 단위이고, 건물은 20개(10년)를 넘으면 20으로 봅니다. 즉 취득 후 10년이 지나면 공급가액이 0원이 됩니다. 또 여기서 취득가액은 매입세액을 공제받은 가액(시행령 제66조 제4항)이므로, 취득 때 부가세를 환급받지 않았다면 해당이 없습니다.

취득 과세기간 중간에 샀어도 그 과세기간 개시일에 취득한 것으로 봅니다(같은 조 제5항). 분양받은 지 몇 년 안 된 상가를 비워 둘 계획이라면, 폐업 시기를 한 과세기간 늦추는 것만으로 세액이 5%포인트씩 줄어드는 구조라는 점을 알고 결정하시면 됩니다.

간이과세 임대사업자가 상가를 팔 때

간이과세자는 계산 방식이 다릅니다. 부가가치세법 제63조 제2항에 따라 공급대가 × 업종별 부가가치율 × 10%이고, 시행령 제111조 제2항 표에서 부동산임대업의 부가가치율은 40%입니다. 건물분 공급대가에 사실상 4%를 곱하는 셈입니다. 앞 사례의 건물분 4억원을 공급대가로 보면 부가가치세는 1,600만원입니다.

다만 간이과세자는 공급대가 규모가 커지면 다음 해 일반과세자로 바뀌는 등 변수가 많고, 포괄양수도의 매수인이 어떤 과세 유형으로 등록하는지에 따라서도 처리가 갈립니다. 간이과세자라면 계약 전에 관할 세무서에 처리 방식을 먼저 확인하시는 편이 안전합니다.

잔금일 이후 신고 일정표

상가를 넘긴 날부터 신고가 연달아 옵니다. 매도인 기준으로 한 표에 모으면 이렇습니다.

부가가치세 기한(다음 달 25일)이 양도세 기한(2개월)보다 먼저 옵니다. 양도세만 챙기다가 부가세 확정신고를 놓치는 일이 흔합니다. 양도세 신고 방식과 첨부 서류는 양도소득세 간편신고와 일반신고에서 확인하세요.

월세가 끊긴 뒤, 매각 대금으로 연금 흐름을 다시 만들 때 비교할 것

상가를 파는 50·60대의 다음 질문은 대개 "매달 들어오던 월세를 무엇으로 대신하느냐"입니다. 일시금으로 받은 매각 대금을 예금에 두는 것과 연금계좌에 나눠 넣고 연금으로 받는 것은 세금이 붙는 시점과 세율이 다릅니다.

비교할 것은 세 가지입니다. 첫째, 연금계좌 납입 한도와 세액공제 대상 금액입니다. 매각 대금을 한꺼번에 넣을 수 없는 구조라 몇 년에 나눠야 합니다. 둘째, 연금으로 받을 때의 연금소득세율과 사적연금 연 1,500만원 기준에 따른 과세 방식 차이입니다. 셋째, 임대소득이 사라지면서 건강보험료가 어떻게 바뀌는지입니다. 연금으로 받을 때 실제로 떼는 세금은 연금소득세 2026년 세율에서 정리했습니다.

어느 쪽이 유리한지는 나이와 다른 소득에 따라 달라지므로 특정 상품을 권하지 않습니다. 금융감독원 통합연금포털이나 국세청 상담으로 본인 기준의 숫자를 먼저 확인해 보시기 바랍니다.

자주 묻는 질문

Q. 포괄양수도계약서를 썼는데 매수인이 들어와 직접 식당을 한다고 합니다. 괜찮은가요?

A. 위험합니다. 시행령 제23조가 요구하는 것은 그 사업, 즉 부동산임대업에 관한 권리·의무의 포괄 승계입니다. 매수인이 임대업을 이어 가지 않고 직접 영업용으로 쓰면 사업의 동일성이 없다고 볼 여지가 큽니다. 이런 경우에는 포괄양수도로 처리하지 말고 부가세 별도 일반 매매로 하거나, 매수인이 대리납부하도록 계약서에 넣는 편이 안전합니다.

Q. 계약서에 부가세 이야기가 전혀 없습니다. 지금이라도 고칠 수 있나요?

A. 잔금 전이라면 양 당사자가 합의해 특약을 추가하는 것이 가장 확실합니다. 「건물분 부가가치세는 매매대금과 별도로 매수인이 부담한다」 또는 「사업의 포괄적 양도로 하되 요건이 불분명하면 매수인이 대리납부한다」처럼 적습니다. 잔금 후에는 상대방 동의 없이 바꾸기 어려우므로, 분쟁이 생기기 전에 세금계산서 발급 여부부터 매수인과 확인하세요.

Q. 토지·건물 비율을 건물 쪽으로 낮게 적으면 매수인이 부가세를 덜 내니 좋지 않나요?

A. 계약서 금액이 기준시가 등으로 안분한 금액과 30% 이상 차이 나면 인정되지 않고 안분가액으로 다시 계산됩니다. 그리고 같은 비율이 양도소득세 계산에도 그대로 쓰입니다. 매수인에게는 건물분이 작을수록 나중에 감가상각할 금액이 줄어드는 면도 있습니다. 한쪽 세금만 보고 비율을 조정하면 다른 쪽에서 되돌아옵니다.

Q. 상가를 10년 넘게 임대했으면 폐업할 때 부가세는 없나요?

A. 팔지 않고 폐업만 한다면, 건물은 경과 과세기간이 20개(10년)를 넘으면 공급가액이 0원이 되어 잔존재화 부가가치세가 없습니다. 하지만 팔면서 폐업하는 경우는 다릅니다. 건물을 매각하는 것 자체가 공급이므로 포괄양수도가 아니면 건물분 부가가치세 10%가 그대로 붙습니다. 보유 연수와 무관합니다.

Q. 상가 양도세도 5월 10일부터 중과되나요?

A. 아닙니다. 소득세법 제104조 제7항의 중과는 조정대상지역 주택에만 적용됩니다. 상가는 보유 2년 이상이면 기본세율, 2년 미만이면 40·50%입니다. 다만 상가 부속토지가 기준면적을 넘으면 그 부분은 비사업용 토지로 +10%포인트가 붙을 수 있습니다.

조문을 따라가 보니, 상가 매도의 손익은 세율표가 아니라 계약서 특약란에서 갈렸습니다

자료를 정리하면서 가장 걸렸던 것은 상위 검색 결과가 포괄양수도를 「부가세를 안 내는 방법」으로만 소개한다는 점이었습니다. 제가 보기에 매도인에게 더 중요한 조문은 제52조 제4항 대리납부였습니다. 요건이 애매할 때 매수인이 부가세를 떼어 내면 나중에 부인될 위험 자체가 사라지는데, 이 한 줄을 다룬 글은 드물었습니다.

또 하나는 양도세와 부가세가 같은 안분 규정을 공유한다는 점입니다. 소득세법 시행령 제166조 제6항이 부가가치세법 시행령 제64조를 그대로 가져다 쓰기 때문에, 토지·건물 비율을 한쪽 세금에 유리하게 조정하는 생각은 조문 단계에서 막혀 있었습니다.

결국 상가를 팔 때 순서는 이렇게 정리됩니다. 먼저 토지·건물 비율을 기준시가나 감정가로 확정하고, 다음으로 부가세를 별도로 받을지·포괄양수도로 할지·대리납부로 할지를 계약서에 적고, 마지막으로 부가세 신고(다음 달 25일)와 양도세 신고(2개월)를 날짜순으로 챙기는 것입니다. 실제 거래에서는 임대차 승계 상황과 과세 유형에 따라 판단이 갈리므로, 계약 전에 관할 세무서나 세무 전문가 확인을 거치시기 바랍니다.

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