통합고용세액공제 계산 사례와 고용증대세액공제 겹치는 2년 비교

최종 업데이트 2026.09.27 · 기준 자료: 조세특례제한법 제29조의8·부칙(2025.12.23. 법률 제21223호) 제34조

직원을 늘린 사업장이 받는 세액공제는 이름이 세 번 바뀌었고, 2026년부터는 계산식까지 바뀌었습니다. 제도가 바뀐 것은 여러 곳에서 정리돼 있는데, 막상 신고서를 채우려고 하면 "내 경우에 올해 얼마가 나오는지"가 잘 안 보입니다.

📌 결론부터 말씀드리면, 2026년과 2027년 신고에는 옛 규정과 새 규정이 한 신고서에 같이 올라갑니다. 2025년에 늘린 인원은 종전 통합고용세액공제(3년간 같은 금액, 2년 사후관리)로 계속 계산하고, 2026년에 늘린 인원부터 새 계산식(직전·전전·전전전 연도 비교)을 씁니다. 그리고 2026 과세연도는 2024년이 비교 대상에서 빠지므로 사실상 직전 연도 비교만 작동합니다.

이 글은 세액공제 가운데 고용 관련 공제를 조문 원문(국가법령정보센터, 2026년 9월 시행 기준)으로 다시 읽고, 수도권 중소기업을 예로 금액을 직접 계산합니다. 금액은 조건을 단순화한 예시이고, 실제 신고 전에는 관할 세무서나 국세청 상담센터(126)에 확인하시기 바랍니다.

고용증대세액공제에서 통합고용세액공제까지, 과세연도별로 어느 규정을 쓰나

먼저 내 인원 증가가 어느 해에 일어났느냐로 적용 규정이 갈립니다. 공제받는 해가 아니라 인원이 늘어난 해가 기준이라는 점이 핵심입니다.

조세특례제한법 제29조의7은 "2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지"로 끝났습니다. 그런데 2025년 12월 23일 개정 법률 부칙 제34조가 2024년·2025년에 인원이 늘어난 경우에는 그 해와 그 뒤 2년(중소·중견기업)의 공제와 납부에 종전 규정을 따른다고 정했습니다. 그래서 "새 제도로 바뀌었다"는 말만 믿고 2025년 증가분을 새 계산식으로 계산하면 틀립니다.

같은 과세연도에 제29조의7이나 제30조의4를 적용받았다면 통합고용세액공제는 적용하지 않습니다(제127조 제11항). 2023·2024년에 둘 중 무엇을 골랐는지부터 확인해 두셔야 뒤 계산이 맞습니다.

이 공제는 과세표준을 줄이는 소득공제가 아니라 산출세액에서 바로 빼는 세액공제입니다. 개인사업자는 사업소득에 대한 소득세에서만 빠지므로, 근로소득이나 금융소득이 함께 있는 분은 계산 단계가 어디인지부터 구분해 두시는 편이 좋습니다. 두 공제의 차이는 소득공제와 세액공제 차이에서 정리했습니다.

2026 과세연도는 왜 사실상 직전 연도 비교만 되나

개정 제29조의8 제1항은 그해 상시근로자 수가 "직전 3개 과세연도(2024년 12월 31일 이전에 개시한 과세연도는 제외한다) 중 1개 이상 과세연도"보다 늘었을 때 공제한다고 적습니다. 괄호가 중요합니다.

12월 결산 사업자를 기준으로 세어 보면 이렇습니다.

2024년 1월 1일에 시작한 과세연도는 "2024년 12월 31일 이전에 개시한" 과세연도라서 비교 대상이 아닙니다. 그러니 2026년에는 A칸 하나만, 2027년에는 A·B 두 칸, 2028년에야 A·B·C 세 칸이 모두 작동합니다. "재작년보다 늘었으면 올해 인원이 그대로여도 된다"는 설명은 2027년부터 맞는 얘기입니다.

사업연도가 1월에 시작하지 않는 법인은 각 과세연도의 개시일을 직접 따져 보셔야 합니다. 개시일이 2025년 1월 1일 이후인 과세연도만 비교 대상에 들어갑니다.

새 계산식 A·B·C를 사례로 풀면

금액표만 보면 "3년 유지하면 1,700만원"처럼 읽히는데, 조문은 같은 사람을 해마다 다른 칸에서 한 번씩 센다는 구조입니다. 중소기업 기준 1인당 금액은 이렇습니다(제29조의8 제1항 제1호 가목·제2호 가목).

조문은 B를 "해당 과세연도와 직전 과세연도 인원 중 적은 수에서 전전 과세연도 인원을 뺀 값", C를 "해당·직전·전전 과세연도 인원 중 가장 적은 수에서 전전전 과세연도 인원을 뺀 값"으로 정의합니다. 음수면 0입니다. 한 번 늘린 인원이 끊기지 않고 유지돼야 다음 칸으로 넘어간다는 뜻입니다.

사례 1 — 2026년에 청년 2명을 늘려 2028년까지 유지 (수도권 중소기업, 2025년 인원 10명)

같은 조건을 수도권 밖 사업장으로 바꾸면 2,000만원 + 3,800만원 + 4,000만원 = 9,800만원입니다.

사례 2 — 같은 회사에서 2027년에 1명이 나가고 충원하지 못한 경우

2027년 인원이 11명이면 B = (min 11, 12 − 10) × 1,600만원 = 1,600만원, 2028년에도 11명이면 C = (min 11, 11, 12 − 10) × 1,700만원 = 1,700만원입니다. 2026년에 받은 1,400만원을 돌려주는 일은 없고, 줄어든 1명 몫을 그 뒤로 덜 받을 뿐입니다. 개정 조문에서 종전의 추가납부 조항(제3항)이 삭제됐기 때문입니다.

청년등의 범위(15~34세, 병역기간 최대 6년 차감, 장애인, 계약 당시 60세 이상, 경력단절 근로자, 북한이탈주민)는 시행령 제26조의8 제4항에 있습니다. 계약 당시 34세 이하였다면 계약일부터 4년간(중소·중견기업) 청년등으로 봅니다.

2025년에 늘린 인원은 옛 규정으로 3년 받습니다

2025년에 인원이 늘었다면 종전 제29조의8이 적용되고, 중소기업은 1인당 청년등 1,450만원(수도권 밖 1,550만원), 청년등 외 850만원(수도권 밖 950만원)을 늘어난 해와 이후 2년, 모두 세 번 받습니다.

사례 3 — 2025년에 청년 2명을 늘리고, 2026년에 청년 1명을 더 늘린 수도권 중소기업

2026년과 2027년 신고서에는 같은 공제 항목 아래 두 갈래 계산이 함께 들어갑니다. 공제세액계산서를 채울 때 2025년 증가분과 2026년 증가분을 섞어 한 번에 계산하면 금액이 어긋납니다. 옛 고용증대세액공제(제29조의7)를 2024년에 처음 받은 곳도 2026년까지 3년차 공제와 사후관리가 남아 있습니다. 중소기업 1인당 금액은 청년등 1,100만원(수도권 밖 1,200만원), 청년등 외 700만원(수도권 밖 770만원)이었습니다.

인원이 줄면 얼마를 도로 내나 — 종전 규정 사후관리 계산

2024·2025년 증가분에는 사후관리가 그대로입니다. 최초로 공제받은 과세연도보다 전체 상시근로자 수가 줄면 그 해부터 남은 공제가 모두 끊기고, 이미 받은 공제 일부를 납부합니다. 납부액은 옛 시행령 제26조의8 제4항의 산식을 따릅니다.

사례 4 — 사례 3의 회사가 2026년에 청년 1명이 나가 전체 인원이 1명 줄어든 경우 (새로 늘린 인원 없음)

• 감소 시점이 최초 공제 과세연도(2025년) 종료일부터 1년 안이므로 1년 구간 산식을 씁니다.
• 청년등 감소(1명)가 전체 감소(1명) 이상이므로 산식은 (청년등 감소 − 전체 감소) × (1,450만원 − 850만원) + 전체 감소 × 1,450만원 = 0 + 1,450만원 = 1,450만원
• 한도는 직전 1년 안에 받은 공제액(2,900만원)이라 1,450만원을 2026년 신고 때 납부합니다.
• 더 큰 손실은 끊기는 공제입니다. 2026·2027년에 받을 예정이던 2,900만원씩, 5,800만원이 사라집니다.

그래서 사후관리 기간에 인원 조정을 검토할 때는 퇴사자 한 명의 인건비와 7,000만원대 세금 효과를 나란히 놓고 봐야 합니다. 퇴사 뒤 같은 해 안에 충원하면 연평균 인원(매월 말 인원을 합해 개월 수로 나눈 수)으로 계산하므로 감소 폭이 줄어듭니다. 전체 인원은 그대로인데 청년등만 줄어든 경우는 청년등 감소 인원 × (1,450만원 − 850만원), 즉 1명당 600만원이 납부액입니다.

육아휴직 복귀자 공제는 2026년 12월 31일 복직분까지입니다

인원 증가와 별개로 육아휴직 복귀자 공제가 있습니다(제29조의8 제5항). 중소기업은 1인당 1,300만원, 중견기업은 900만원이고, 개정 조문은 대상을 "2026년 12월 31일까지 복직시키는 경우"로 적고 있습니다. 올해 복직 예정자가 있다면 이 기한이 걸립니다.

요건은 세 가지입니다. 해당 기업에서 1년 이상 근무했고(원천징수 기록으로 확인), 연속 6개월 이상 육아휴직했으며, 최대주주·대표자나 그 친족이 아니어야 합니다. 자녀 1명당 한 번만 적용되고, 그해 전체 상시근로자 수가 직전 연도보다 줄었다면 공제하지 않습니다.

이 공제에는 개정 뒤에도 2년 사후관리가 남아 있습니다. 제7항은 복직일부터 2년이 지나기 전에 근로관계를 끝내면 공제받은 세액을 그 해 신고 때 납부하도록 합니다. 정규직 전환 공제(제4항, 2024년 전환분)도 같은 2년 규정이 적용됩니다. 인원 증가분은 납부 규정이 없어졌지만 이 두 공제는 아니라는 점을 구분해 두셔야 합니다.

상시근로자 수에서 빠지는 사람을 먼저 지우세요

계산이 틀어지는 가장 흔한 원인은 공식이 아니라 인원 세기입니다. 시행령 제26조의8 제2항은 아래 사람을 상시근로자에서 뺍니다.

• 근로기간 1년 미만 근로자
• 단시간근로자 (월 평균 근로시간 60시간 이상이면 포함)
• 법인세법 시행령상 임원
• 최대주주·최대출자자(개인사업자는 대표자)와 그 배우자
• 그 직계존비속(배우자 포함)과 친족관계에 있는 사람
• 근로소득 원천징수 사실도, 국민연금·건강보험 직장가입자 보험료 납부 사실도 확인되지 않는 사람

가족을 급여대장에 올려 두었거나 계약직을 1년 미만으로 반복 계약한 사업장은, 이 사람들을 지우고 나면 "늘었다"고 생각한 인원이 줄어드는 일이 흔합니다. 비교 대상 연도의 인원도 같은 기준으로 다시 세어야 합니다.

중소기업이 아니면 조건이 하나 더 붙습니다. 개정 제29조의8 제1항 단서와 시행령 제26조의8 제3항에 따라 중견기업은 5명, 그 밖의 기업은 10명의 최소고용증가인원을 넘겨야 하고, 그 인원분 금액을 빼고 공제합니다. 소비성서비스업은 업종 자체가 제외됩니다.

창업감면·이월공제와 겹칠 때 확인할 것

창업중소기업 세액감면과 같은 해에는 함께 받을 수 없습니다. 제127조 제4항 단서는 제6조(창업중소기업 등 세액감면)로 감면받는 경우 제29조의7·제29조의8을 동시에 적용하지 않는다고 적고 있습니다. 창업 초기 사업장이라면 감면과 고용 공제 중 어느 쪽이 큰지 해마다 비교해 고르셔야 합니다.

세금이 모자라 못 쓴 공제는 10년간 넘어갑니다. 제144조 제1항은 납부할 세액이 없거나 최저한세에 걸려 공제받지 못한 금액을 다음 과세연도부터 10년 안에 이월해 공제하도록 합니다. 적자인 해에 인원을 늘렸다고 공제를 포기할 이유는 없습니다. 다만 공제세액계산서를 그 해에 제출해 이월액을 남겨 두는 것이 전제입니다.

신청은 별도 창구가 없습니다. 시행령 제26조의8 제11항에 따라 과세표준신고 때 세액공제신청서·공제세액계산서·상시근로자 명세서를 관할 세무서에 냅니다. 법인은 사업연도 종료 후 3개월 안의 법인세 신고, 개인사업자는 5월 종합소득세 신고입니다.

놓친 고용 공제는 경정청구로 되찾습니다

신고 때 공제를 빠뜨렸거나 인원을 잘못 세어 적게 받았다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구로 돌려받을 수 있습니다(국세기본법 제45조의2). 고용 공제는 3년에 걸쳐 나눠 받는 구조라, 1년차를 놓치면 2·3년차까지 연쇄로 빠져 있는 경우가 많습니다. 경정청구할 때는 세 해를 한 번에 보셔야 합니다.

기한 계산과 되는 경우·안 되는 경우는 경정청구 기간 5년 판단 기준에서 따로 정리했습니다. 환급이 결정되면 들어온 금액과 국세환급금 내역은 미납세금 환급금 조회 순서를 따라 확인하시면 됩니다.

직원을 새로 뽑으면 이듬해 초 그 직원들의 연말정산도 사업장 몫입니다. 직원이 "환급이 왜 이것밖에 안 되느냐"고 물을 때 설명할 거리는 연말정산 환급금이 적은 이유에 있습니다.

인원을 늘린 사업장의 다음 결정, 퇴직연금 적립 방식은 무엇으로 할까

인원을 유지해야 공제가 이어진다는 말은, 곧 그 인원이 1년을 넘겨 퇴직급여 대상이 된다는 뜻이기도 합니다. 1년 이상 근무한 근로자에게는 퇴직급여를 줘야 하고, 사업주는 확정급여형(DB)과 확정기여형(DC) 가운데 적립 방식을 정해야 합니다. 세액공제로 줄어든 세금 일부가 결국 퇴직급여 적립 재원이 되는 셈입니다.

두 방식은 사업주 비용이 발생하는 시점과 크기가 다릅니다. DC는 매년 임금총액의 12분의 1 이상을 적립하면 끝나고, DB는 퇴직 시점 평균임금으로 계산되므로 임금이 오르면 사업주 부담도 커집니다. 같은 근로자를 두고 두 방식의 결과가 어떻게 갈리는지는 퇴직연금 DB형 DC형 계산 사례에서 숫자로 비교했습니다. 특정 금융회사 상품을 고르기 전에 고용노동부·금융감독원의 퇴직연금 안내와 수수료 공시를 먼저 확인하시기 바랍니다.

자주 묻는 질문

Q. 2026년에 직원이 늘었는데, 2024년보다 늘었으니 B칸 금액을 받을 수 있나요?

받을 수 없습니다. 개정 제29조의8 제1항은 "2024년 12월 31일 이전에 개시한 과세연도는 제외"한다고 명시하므로, 12월 결산 사업자의 2026 과세연도에는 2025년과 비교하는 A칸만 작동합니다. B칸은 2027 과세연도에 2025년과 비교할 때 처음 생깁니다.

Q. 2025년에 늘린 인원도 새 계산식으로 받는 편이 유리하지 않나요?

선택 사항이 아닙니다. 2025.12.23. 개정 법률 부칙 제34조가 2024·2025년 증가분은 그 해와 이후 2년의 공제·납부에 종전 규정을 따르도록 정했습니다. 2025년 증가분은 1인당 1,450만원(청년등, 수도권 중소기업) 같은 종전 금액으로 세 번 받고, 사후관리도 종전대로 적용됩니다.

Q. 대표 아들을 직원으로 등록해 4대보험도 내고 있는데 인원에 들어가나요?

들어가지 않습니다. 시행령 제26조의8 제2항 제5호는 최대주주·대표자의 직계존비속과 친족관계에 있는 사람을 상시근로자에서 뺍니다. 비교 대상 연도 인원에서도 같이 빼야 하므로, 가족 직원이 있던 해와 없던 해가 섞이면 증가 인원이 달라질 수 있습니다.

Q. 적자라서 낼 법인세가 없는데 공제를 신청할 의미가 있나요?

있습니다. 제144조에 따라 공제받지 못한 금액은 10년간 이월됩니다. 다만 그해 신고 때 공제세액계산서를 내서 이월액을 확정해 두셔야 하고, 사후관리 대상인 종전 규정 증가분은 이월 중이라도 인원이 줄면 이월액을 차감한 뒤 납부액을 계산합니다.

Q. 사후관리 기간 중 퇴사자가 생겼는데 연말까지 충원하면 괜찮나요?

상시근로자 수는 매월 말 인원을 합해 개월 수로 나눈 연평균이라, 빈자리가 있던 달만큼은 평균이 내려갑니다. 충원이 늦을수록 최초 공제연도보다 줄어들 가능성이 커지니, 결산 전에 월별 인원표로 연평균을 미리 계산해 보시는 것이 안전합니다.

조문을 모두 대조해 보고 내린 판단, 2026년 신고는 두 장부로 준비하세요

자료를 정리하면서 가장 걸렸던 것은 "통합고용세액공제가 개편됐다"는 설명 대부분이 개정 규정만 설명하고 부칙 제34조를 빼놓는다는 점이었습니다. 실제 2026·2027년 신고서에서 금액이 큰 쪽은 오히려 종전 규정으로 계산하는 2025년 증가분입니다. 새 계산식만 보고 인원 계획을 세우면, 종전 규정의 사후관리에 걸려 수천만원을 잃는 경로를 놓치게 됩니다.

제가 보기에 2026년 신고를 준비하는 가장 현실적인 방법은 증가 연도별로 인원 장부를 따로 두는 것입니다. 2025년 증가분은 최초 공제연도 인원과 매년 비교하는 장부, 2026년 이후 증가분은 직전·전전·전전전 연도 인원의 최솟값을 따지는 장부입니다. 두 장부는 비교 기준이 달라서 한 표로 합치면 어느 쪽이든 틀어집니다.

또 하나는 2026 과세연도가 새 제도의 혜택을 가장 적게 보는 해라는 점입니다. 2024년이 비교에서 빠져 A칸만 작동하기 때문입니다. 채용 시점을 고민하는 사업장이라면, 새 제도의 금액이 커지는 2027·2028년까지 인원을 유지할 수 있는지를 먼저 따져 보시는 편이 낫습니다. 제도는 2028 과세연도까지로 정해져 있고 그 뒤는 아직 정해지지 않았으니, 내 사업장의 계산은 신고 전에 관할 세무서에서 한 번 더 확인하시기 바랍니다.

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